Sau sự kiện đồn Sumter thất thủ tháng 4 năm 1861, cả hai miền nam bắc cùng đua nhau xây dựng quân đội. Tổng thống Abraham Lincoln đưa ra lời kêu gọi 75.000 quân tình nguyện để đàn áp cuộc nổi loạn, và ngay sau đó dẫn đến sự ly khai của thêm 4 tiểu bang nữa, trong đó có Virginia. Lục quân Hoa Kỳ lúc này chỉ có khoảng 16.000 người, với hơn một nửa trong số đó phân tán tại miền Tây. Quân đội lúc này được đặt dưới sự toàn quyền chỉ huy của vị trung tướng già Winfield Scott, người cựu binh của cuộc chiến tranh 1812 và chiến tranh Hoa Kỳ-México. Bên phe miền Nam, chỉ một số ít các sĩ quan và binh lính miền Bắc từ chức và gia nhập Liên minh; sự hình thành lục quân Liên minh miền Nam ban đầu là vấn đề được thực hiện bởi từng bang riêng rẽ. Tình trạng phân hoá của lực lượng phòng thủ miền Nam, phát triển từ sự nghi ngờ của các tiểu bang về một chính quyền trung ương vững mạnh, là một trong những bất lợi của miền Nam trong suốt cuộc chiến.[3]

Một vài hành động quân sự đầu tiên diễn ra tại khu vực phía tây bang Virginia. Khu vực này có mối liên hệ gần gũi với Pennsylvania và Ohio hơn so với miền đông Virginia và do đó đã phản đối việc ly khai, một chính phủ thân miền Bắc đã nhanh chóng được thành lập và kêu gọi Lincoln bảo hộ quân sự. Thiếu tướng George B. McClellan, người điều hành Cục Ohio, đã ra lệnh cho quân đội tiến đến Grafton và tấn công quân miền Nam dưới quyền chỉ huy của đại tá George A. Porterfield. Cuộc đụng độ diễn ra ngày 3 tháng 6 năm 1861, gọi là trận Philippi Races, ít có ý nghĩa nào khác ngoài việc giúp người ta bắt đầu biết đến vị tướng trẻ này. Chiến thắng trong trận Rich Mountain vào tháng 7 đã giúp ông được đề bạt lên làm chỉ huy binh đoàn Potomac vào mùa thu năm đó. Trong chiến dịch này, sau một loạt các trận đánh nhỏ, tướng Robert E. Lee, dù đã có nhiều đóng góp lớn trong khi làm đại tá cho lục quân Hoa Kỳ, nhưng lại không có kinh nghiệm chỉ huy chiến đấu và đã thể hiện một phong cách làm việc lờ đờ khiến cho ông bị gán một biệt hiệu khinh miệt "Ông nội Lee". Không lâu sau đó ông đã được chuyển tới Carolinas để tiến hành xây dựng lực lượng. Chiến thắng của miền Bắc tại đây đã cho phép họ thành lập ra tiểu bang Tây Virginia vào năm 1863.[4]

Trận đánh có ý nghĩa quan trọng đầu tiên của cuộc chiến diễn ra ở miền đông Virginia ngày 10 tháng 6. Thiếu tướng miền Bắc Benjamin Franklin Butler, đóng quân tại đồn Monroe, đã tập hợp các lực lượng từ Hampton và Newport News để tiến công các tiền đồn biên phòng của miền Nam. Trong trận Big Bethel, gần đồn Monroe, đại tá John B. Magruder đã giành được chiến thắng đầu tiên cho phe miền Nam.[5]

Trận Bull Run thứ nhất

Đầu mùa hè năm 1961, chuẩn tướng Irvin McDowell, tư lệnh các lực lượng miền Bắc ở xung quanh Washington, một sĩ quan thiếu kinh nghiệm chiến đấu, chỉ huy một lực lượng lính tình nguyện cũng thiếu kinh nghiệm chiến đấu— nhiều người trong số họ chỉ được tuyển mộ trong thời gian 90 ngày, một thời hạn đã sắp kết thúc. McDowell chịu áp lực từ giới chính trị gia và báo chí miền Bắc đòi hỏi phải hành động ngay lập tức, hô hào ông "Tiến đến Richmond!". Kế hoạch của ông ta là tiến quân với 35.000 người và tấn công 20.000 quân miền Nam dưới quyền chỉ huy của chuẩn tướng P.G.T. Beauregard tại Manassas. Lực lượng lớn thứ hai của miền Nam trong khu vực với 12.000 người do tướng Joseph E. Johnston chỉ huy đóng tại thung lũng Shenandoah, bị cầm chân tại chỗ bởi thiếu tướng Robert Patterson cùng 18.000 người đang đe doạ Harpers Ferry, khiến 2 đội quân miền Nam không thể phối hợp chống lại McDowell.[6]

Ngày 21 tháng 7, Binh đoàn Đông bắc Virginia của McDowell đã tiến hành một cuộc hành quân đổi hướng phức tạp chống lại binh đoàn Potomac miền Nam của tướng Beauregard, mở màn trận Bull Run thứ nhất (hay còn gọi là trận Manassas thứ nhất). Mặc dù lúc đầu quân miền Bắc chiếm được lợi thế và đẩy lui được sườn trái quân miền Nam, nhưng tình hình chiến cuộc đã đảo ngược vào chiều hôm đó. Chuẩn tướng Thomas J. Jackson động viên lữ đoàn Virginia của mình trụ vững trước cuộc tấn công mạnh mẽ của quân miền Bắc, và được đặt cho biệt danh nổi tiếng "Stonewall" (bức tường đá) Jackson. Quân tiếp viện của Johnston - mà Patterson đã không thể giữ chân họ - đã đến rất kịp thời bằng xe lửa. Quân đội miền Bắc thiếu kinh nghiệm chiến đấu bắt đầu rút lui, rồi chuyển thành một cuộc tháo chạy kinh hoàng, nhiều người chạy về đến tận gần sát Washington. Những người theo dõi, cả thường dân và chính trị gia, nhiều người trong số họ nhìn nhận rằng cuộc chiến sẽ rất dễ dàng, giờ bắt đầu hoảng sợ. Quân đội miền Bắc rút an toàn về Washington; do quân đoàn của Beauregard quá mệt mỏi và thiếu kinh nghiệm để có thể tiến hành truy kích. Thất bại trong trận Bull Run thứ nhất làm chấn động miền Bắc, và một quyết tâm mới không thể lay chuyển đã lan khắp Hoa Kỳ khi cả quân đội và nhân dân đều nhận ra rằng họ sẽ cần phải hy sinh nhiều tiền của và nhân lực để giành chiến thắng trong một cuộc chiến tranh lâu dài và đẫm máu.[7]

George B. McClellan được triệu về miền đông trong tháng 8 để chỉ huy binh đoàn Potomac mới thành lập và trở thành đội quân chủ lực ở Mặt trận miền Đông. Là một cựu giám đốc điều hành đường sắt, ông sở hữu một kỹ năng tổ chức nổi trội rất phù hợp với nhiệm vụ đào tạo và quản lý. Ông còn là người có rất nhiều tham vọng, và cho đến ngày 1 tháng 11, ông hoạt động bên cạnh Winfield Scott với chức vụ tổng chỉ huy của toàn bộ lục quân Liên bang, bất chấp thất bại đầy lúng túng của cuộc viễn chinh ông đã tiến hành trên sông Potomac trong trận Balls Bluff vào tháng 10.[8][9]